Japanese Barcode of Life Initiative
日本バーコードオブライフ・イニシアチブ
Language
日本語動物のバーコーディング
ミトコンドリア上のチトクロムC酸化酵素サブユニットI (COI)遺伝子の一部、648塩基を増幅するプライマーセットです。
プライマー配列
| LCO1490 | 5′-GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG-3′ |
| HCO2198 | 5′-TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3′ |
PCR条件
| 1 cycle | |
| 94°C | 1min |
| 35 cycles | |
| 94°C | 30sec |
| 50°C | 30sec |
| 72°C | 1min |
| 1 cycle | |
| 72°C | 10min |
注:上は標準的なPCR条件です。PCRの増幅が悪い場合には、アニーリング反応温度－5℃、非特異的なバンドが出る際にはアニーリング反応温度を+2℃して下さい。
動物群によってPCR条件が若干異なる場合があります。様々な動物群でのPCR条件については今後、随時更新予定です。
PCR反応液組成
ExTaq(タカラバイオ)使用時、反応系20µl
| 滅菌水 | 14.8µl |
| 10×ExTaqバッファー(ExTaqに付属) | 2.0µl |
| dNTPs(2.5mmol/lに調整済、ExTaqに付属) | 1.6µl |
| プライマーLCO1498(20µmol/lに調整済) | 0.5µl |
| プライマーHCO2189(20µmol/lに調整済) | 0.5µl |
| ExTaq | 0.1µl |
| サンプル(10ng/µlに調整済) | 0.1µl |
ここではシーケンスに必要なPCR産物量を20µlとして反応系を設定しています。必要に応じて量を調整してください。
DNA合成酵素はExTaq以外も使用可能ですが、その際には酵素に添付された説明書に従ってプライマー、サンプル以外の組成を調整して下さい。
参考文献
- Folmer O, Black M, Hoeh W, Lutz R, Vrigenhoek R. 1994. DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates. Molecular Marine Biology and Biotechnology 3: 294-299.
- Hebert PDN, Cywinska A, Ball SL, deWaard JR. 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society London B 270: 313-321. (pdf)
- Hebert PDN, Ratnasingham S, deWaard JR. 2003. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society London B 270 (Supplement): S96-S99. (pdf)
