アーカイブ: 2016 年

トビムシ群集のmetabarcoding手法に関する研究

日本産トビムシ類DNAバーコードプロジェクトによる、トビムシ群集のメタバーコーディング手法の論文がGenomeに掲載されました。

Seikoh Saitoh, Hiroaki Aoyama, Saori Fujii, Haruki Sunagawa, Hideki Nagahama, Masako Akutsu, Naoya Shinzato, Nobuhiro Kaneko, Taizo Nakamori
A quantitative protocol for DNA metabarcoding of springtails (Collembola)
Genome, 2016, 59(9): 705-723, 10.1139/gen-2015-0228

メタバーコーディングにおいては、出力されたNGSデータ中での種ごとの配列の存在頻度が群集中の個体数やバイオマスをあまり反映しておらず、データの定量性に乏しいという課題がありました。

本論文では、この課題に対して改善をもたらすプロトコルを提案し、同一種の個体数とリード数の間に高い相関が得られたことを示しています。

同一の種であればサンプル間で個体数の大小を議論できる(半定量性がある)ことから、これまでメタバーコーディングでは困難だった個体数密度の変動の追跡などにも利用できる可能性があります。

本論文はオープンアクセスとなっておりますので、メタバーコーディングに関心のある方は是非ご覧ください。

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