アーカイブ: 2015 年

BOLDに登録されたバーコードデータを活用した鳥類の種分化に関する研究

BOLDに登録されている12の鳥類プロジェクトのDNAバーコードデータをもとに、過去に日本本土から大陸へと移動が起こったとされる「Reverse Conolization」の仮説の検証を試みた研究がJournal of Ornithologyに掲載されました。

論文では、バーコード情報が大陸と日本本土の両集団から得られる118種を対象にして、ハプロタイプの特徴からReverse Colonizaionの可能性を議論しています。
また、著者らは、今回の対象種ではバーコードデータが得られる集団に偏りがあることや、COIバーコード領域のみの解析の限界などバーコードデータを利用する際の問題点も論じています。

Isao Nishiumi & Chang-Hoe Kim (2015) Assessing the potential for reverse colonization among Japanese birds by mining DNA barcode data

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パプアニューギニアのチョウ類バーコードデータのBOLD登録

パプアニューギニア・Yawan周辺で採集されたチョウ類のDNAバーコードデータ(315BINs)がBOLDに登録されました。
もともとこれらのチョウ類は、生態学的研究のために採集されたもので寄主植物のデータが充実しています。
BOLD上では、バーコードデータとともに、証拠標本の写真やこうしたホスト情報も一緒に登録できるという良い例だと思われます。

Scott E. Miller, Margaret E. Rosati, Bradley Gewa, Vojtech Novotny, George D. Weiblen and Paul D.N. Hebert (2015) DNA Barcodes of Lepidoptera Reared from Yawan, Papua New Guinea

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第6回国際バーコードオブライフカンファレンスEarly Registration 15日まで延長

カナダ・Guelph大学で2015年8月18-22日に開催される予定の第6回国際バーコードオブライフカンファレンスのEarly Registrationが6月15日まで延長されました。

まだ間に合います!

詳細は下記ホームページでご確認下さい。

第6回国際バーコードオブライフカンファレンスHP

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非破壊的なDNA抽出方法についてートビムシ

DNAバーコードプロジェクトを進めるにあたって、DNA抽出は証拠標本を残すことを念頭に置く必要があります。
トビムシのようなプレパラート標本にする必要があるものは非破壊的にDNA抽出するのは難しいことでした。
本論文では、トビムシのDNA抽出の際、費用も労力もよりかからない非破壊的な方法が提案されています。

COI領域の増幅率は種によって異なるなど課題は残されていますが、DNA抽出後に作製した標本によって分類に必要な形態的特徴がきちんと判別できることが示されています。

下記のリンクから論文のアブストラクトを見ることができます。
Aoyama et al. in press, A rapid method of non‐destructive DNA extraction from individual springtails (Collembola)

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日本産コメツキムシプロジェクト

コメツキムシDNAバーコードに関する記事が、2015年3月19日付日本農業新聞に掲載されました。

「データベース化ー名古屋市立大学大学院など コメツキムシ科害虫、益虫判別ー適切な農薬散布に活用」

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貯穀害虫コクガを含むNemapogon属のリビジョン

日本に生息するNemapogon属4種の形態的差異が再検討されるとともに、DNAバーコード領域の分析も行われました。

COI領域(658bp)の差異が遺伝的分岐度(K2P値)によって示され、同種・異種を区別するのに有効であることがわかりました。

下記のリンクから論文のアブストラクトを見ることができます。
Osada et al. 2015, A revision of the genus Nemapogon Schrank (Lepidoptera, Tineidae) including a stored grain pest, N. granella, from Japan

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The Barcode Bulletin 第6巻1号が公開されました

iBOLからThe Barcode Bulletinの2015年3月号が公開されました。

“News”では、2015年8月18-22日に開催予定の第6回国際バーコードオブライフカンファレンスの詳細が書かれています。

“Feature”では、マレーシアのいくつかの小学校で行われているチョウのDNAバーコーディングによる同定とモニタリング調査プログラムが紹介されています。

“Reseach”では、フランス北西のイロワーズ海の捕食者2種(ハイイロアザラシとネズミイルカ)の食性をDNAバーコーディングによって明らかにした研究、病原体とそれを媒介する昆虫のDNAバーコード情報の収集に関する研究(1403 parasite & vector speciesのうち597種のバーコードしかBOLDに登録していないことを指摘したレビュー論文)、ヨーロッパの甲虫やカナダの植物のバーコード領域を網羅的に収集した研究論文を紹介しています。

“Barcode Applications”では、アフリカの魚のひれを餌としている魚の種間関係をバーコーディングによって明らかにした研究や、ブラジル政府と大学とバイオ関連会社とが連携して魚市場に出ている誤表示を取り締まるといった取り組みについて紹介されています。

恒例のバーコーディング関連の論文数は、3月までに4015件で着実に増えているようです。

ぜひご覧ください。

PDFへのリンクです。
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国内バーコーディングプロジェクトの情報の更新について

日本産コメツキムシおよび日本産発光生物プロジェクトの内容が更新されました。

プロジェクトの詳細
日本産コメツキムシプロジェクト
日本産発光生物プロジェクト

英語版
Japanese Elateridae barcoding Project
Japanese bioluminescent organisms barcoding project

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大規模DNAバーコーディングによる生物間ネットワーク研究に関する論文

主に微生物を中心とした生物間相互作用網の解明において、次世代シーケンサーを使ったハイスループットDNAバーコーディングの手法や問題点、優位性がまとめられた東樹さんの論文がPopulation Ecologyに掲載されています。

論文では、生物間ネットワークにおいてサンガー法ではなく次世代シーケンサーを使うことの利点や欠点、サンプリングから解析法に至るまで詳しく説明されています。

植物−真菌ネットワーク研究が中心ですが、様々な生物間相互作用網の研究にヒントを与えてくれます。

Toju, H.
High-throughput DNA barcoding for ecological network studies

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日本産コメツキムシのDNAバーコーディング

日本産コメツキムシの762のCOIバーコード情報に関する論文がPLoS ONEに掲載されました。本論文は、複数の県で記載された種の74~85%を網羅しています。

これらの配列はBOLDに登録され(JEBP, or Japanese Elateridae Barcoding Project)、分類学的な手続きを経て決められた種とBINs (Barcode Index Number)との関係が詳しく調べられました。バーコード配列の同属内種間変異(平均p-distance=11.6%)は種内変異(平均p-distance=3.7%)より高く、JEBPデータベースによる種同定の有用性を示す結果が得られました。一方で、形態種とBINsとの間にみられる不一致は他の分類群(ハチや鳥類等)に比べると高い傾向がみられました。

Yuichi Oba, Hitoo Ôhira, Yukio Murase, Akihiko Moriyama, Yoshinori Kumazawa
DNA Barcoding of Japanese Click Beetles (Coleoptera, Elateridae)

プロジェクトの詳細
本HPプロジェクト日本産コメツキムシ
日本産コメツキムシ科DNAバーコードデータベース

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