アーカイブ: 2011 年

鳥類DNAバーコーディングに関するデータペーパー

鳥類DNAバーコーディングに関するデータペーパーが公開されました。アメリカ国立自然史博物館の鳥類部門が収蔵する標本から、1,403種、2,808個体のDNAバーコードを登録しました。このうち1,147種は今回はじめてバーコーディングされた種で、鳥類バーコードの充実に大きく貢献するものになりました。オープンアクセスになっておりますので、興味のある方は是非ご覧ください。

Schindel DE, Stoeckle MY, Milensky C, Trizna M, Schmidt B, Gebhard C, Graves G (2011) Project description: DNA barcodes of bird species in the National Museum of Natural History, Smithsonian Institution, USA. ZooKeys 152: 87–92.

詳細を見る

第4回国際バーコードオブライフカンファレンスまとめ

11月28日からオーストラリア、アデレードで第4回国際バーコードオブライフカンファレンス (the Fourth International Barcode of Life Conference) が開催されました。第4回となる今回は60ヶ国から450人が参加しました。カンファレンス本体は30日の基調講演及びポスター発表に続き、12月1日から3日午前中までが各分類群・分野ごとの口頭発表、3日午後は再び全体講演が行われました。
カンファレンスでのトピックをいくつか紹介します。

BOLD Systemsの新バージョン公開

DNAバーコードのライブラリ・プロジェクト管理・および同定支援システムを含む情報システムBOLDの新バージョン(バージョン3, http://v3.boldsystems.org/)がベータ公開されました。新バージョンでの注目すべき点はBarcode Index Number (BIN) の公式サポートです。BINは種名とは別にバーコード塩基配列から認識されたクラスターに一意な番号をつけ、暫定的な分類情報として用いる事ができます。

バーコーディングブリッツ

The International Barcode of Life Project (iBOL)とオーストラリアの多様性を明らかにするプロジェクトAtlas of Living Australia (ALA)の協力もと、オーストラリアの研究機関が所蔵する鱗翅目昆虫の網羅的なバーコーディングが行われました。これは、ある場所を網羅的な短期生物調査を表す “bioblitz” になぞらえて”DNA barcode Blitz”よばれ、オーストラリアの蛾と蝶の仲間の既知種の65%にあたる6500種、28000個体の標本をDNA解析用に選びバーコードライブラリを10週間で構築しました。
“DNA barcode Blitz”

アメリカ政府がDNAバーコーディングの利用を開始

以前に紹介した寿司のDNAバーコーディングにも関連しているトピックですが、アメリカ食品医薬品局 (Food and Drug Administration: FDA)は魚の産地偽装を防ぐために国立自然史博物館と協力して、魚のDNAバーコードライブラリーを構築しています。DNAバーコーディングの実用的な例として紹介されました。詳しくはFDAのサイト

菌類のDNAバーコーディング

動物ではミトコンドリアのCOI、植物では葉緑体ゲノムのmatKとrbcLが標準領域として策定されていますが、残されていた大きな分類群である菌類でも標準領域の最終候補が発表されました。菌類では、その標準的なDNAバーコード領域として、菌類の種の表徴として広く使用されてきました5.8SリボソームDNAのITS領域が最終的な候補としてアナウンスされました。今後、決定プロセスを経て標準領域として決定されるみとおしです。また菌類バーコーディングホームページがリニューアルされました。
“Fungal Barcoding”

SPIDERの紹介 SPecies IDentity and Evolution in R

DNAバーコーディングに関連した解析を統計解析ソフトウェアRでおこなうためのパッケージです。DNAバーコーディングに関連した様々な解析を一括して行う事を目的としています。関連した論文が準備されており、論文に先立ちソフトウェアが公開されました。
SPecies IDentity and Evolution in R SPIDER

Q-BANK〜植物防疫のための総合的な同定支援システムの構築をめざして〜

Q-BANKは植物防疫のための総合的な同定支援システムを目指す新たなプロジェクトです。バーコード情報だけではなく、植物防疫に関わる検疫有害動植物、侵略的外来種などの生態、分類、生理情報を一元的に取り扱い植物防疫に関する総合的なデータベースを構築しています。バーコードの情報はQBOLから提供されています。オランダ政府を中心にEUのバックアップを受けているQBOLからも支援を受けています。
Q-BANK “http://www.q-bank.eu/”

BOLD Systemsのミラーサイト構築

The International Barcode of Life Project (iBOL)の情報ワーキンググループ主導により、BOLD Systemsのミラーサイトが構築され発表されました。
Global Mirror System of DNA Barcode Data (GMS-DBD)

カンファレンスの大まかな流れはハッシュタグ#bol4をまとめたTwitterまとめサイトtogetterにまとめられています。

詳細を見る

第4回国際バーコードオブライフカンファレンス

11月28日からオーストラリア、アデレードで第4回国際バーコードオブライフカンファレンス (the Fourth International Barcode of Life Conference) が開催されています。公式ウェブサイトはこちら。28日から29日のプレコンファレンスに引き続き、30日からメインのカンファレンスが始まり、30日にはDNAバーコーディングプロジェクト全体に関する基調講演が、1日には生物群ごとに分かれてそれぞれのグループの基調講演が行われました。2日も引き続き各生物群に関する議論が、3日には情報共有やネットワークなどの議論が行われます。

カンファレンスの様子は
Twitterのカンファレンス公式アカウント@dnabarcodes2011および
Twitterのハッシュタグ#bol4
で確認することができます。

詳細を見る

日本産発光生物に関する総説

日本産発光生物の総説が日本動物学会誌Zoological Scienceに掲載されました。日本における発光生物研究の歴史、その多様性や生態、文化的側面も含めてレビューされています。その中で国内プロジェクトの一つでもある日本産発光生物のバーコーディングについてもレビューされています。オープンアクセスですので、興味のある方は是非ご覧ください。

Oba Y, Branham MA, Fukatsu T (2011) The Terrestrial Bioluminescent Animals of Japan. Zoological Science 28, 771-789 (pdf)

詳細を見る

第4回国際バーコードオブライフカンファレンスプログラム

2011年の11月28日から12月3日にかけてオーストラリアのアデレードで開催される第4回国際バーコードオブライフカンファレンス
(the Fourth International Barcode of Life Conference)のプログラムが発表されました.またアブストラクトも公開されています。

詳細を見る

日本学術会議報告ー昆虫科学の果たすべき役割とその推進の必要性

日本学術会議の農学委員会応用昆虫分科会の報告書
「昆虫科学の果たすべき役割とその推進の必要性」
において新しい潮流への対応としてDNAバーコーディングが紹介されました。

詳細を見る

日本DNA多型学会第20回学術集会

日本DNA多型学会第20回学術集会が2011年12月1日(木)と2日(金)の2日間横浜にて行われます。詳しくは日本DNA多型学会第20回学術集会ホームページをご覧ください。

詳細を見る

DNA鑑定学会第4回総会・大会

DNA鑑定学会第4回総会・大会が総会2011年11月24日(木) 大会2011年11月24日(木)と25日(金)に東京で行われます。詳しくはDNA鑑定学会ホームページをご覧ください。

詳細を見る

日本産コハモグリガの仲間のDNAバーコーディング

2011年6月発行の日本鱗翅学会 Lepidoptera Science誌, 62(2):75-93 に日本産コハモグリガの仲間の新種記載が掲載されました。DNAバーコーディングをもちいて近縁種間の比較を行っています。

Kobayashi et al. (2011) A new willow leaf blotch miner of the genus Phyllocnistis (Lepidoptera: Gracillariidae: Phyllocnistinae) from Japan, with pupal morphology and genetic comparison of Salicaceae mining species using DNA barcodes. Lepidoptera Science, 62(2):75-93

詳細を見る

第4回国際バーコードオブライフカンファレンス要旨登録締切り延長のお知らせ

第4回国際バーコードオブライフカンファレンス(2011年11月28日から12月3日、アデレード)の要旨登録の締切りが6月30日に延長になりました。

詳細を見る
ページの先頭へ戻る