カテゴリー: ニュース

トビムシ群集のmetabarcoding手法に関する研究

日本産トビムシ類DNAバーコードプロジェクトによる、トビムシ群集のメタバーコーディング手法の論文がGenomeに掲載されました。

Seikoh Saitoh, Hiroaki Aoyama, Saori Fujii, Haruki Sunagawa, Hideki Nagahama, Masako Akutsu, Naoya Shinzato, Nobuhiro Kaneko, Taizo Nakamori
A quantitative protocol for DNA metabarcoding of springtails (Collembola)
Genome, 2016, 59(9): 705-723, 10.1139/gen-2015-0228

メタバーコーディングにおいては、出力されたNGSデータ中での種ごとの配列の存在頻度が群集中の個体数やバイオマスをあまり反映しておらず、データの定量性に乏しいという課題がありました。

本論文では、この課題に対して改善をもたらすプロトコルを提案し、同一種の個体数とリード数の間に高い相関が得られたことを示しています。

同一の種であればサンプル間で個体数の大小を議論できる(半定量性がある)ことから、これまでメタバーコーディングでは困難だった個体数密度の変動の追跡などにも利用できる可能性があります。

本論文はオープンアクセスとなっておりますので、メタバーコーディングに関心のある方は是非ご覧ください。

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第6回国際バーコードオブライフカンファレンスEarly Registration 15日まで延長

カナダ・Guelph大学で2015年8月18-22日に開催される予定の第6回国際バーコードオブライフカンファレンスのEarly Registrationが6月15日まで延長されました。

まだ間に合います!

詳細は下記ホームページでご確認下さい。

第6回国際バーコードオブライフカンファレンスHP

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日本産コメツキムシプロジェクト

コメツキムシDNAバーコードに関する記事が、2015年3月19日付日本農業新聞に掲載されました。

「データベース化ー名古屋市立大学大学院など コメツキムシ科害虫、益虫判別ー適切な農薬散布に活用」

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貯穀害虫コクガを含むNemapogon属のリビジョン

日本に生息するNemapogon属4種の形態的差異が再検討されるとともに、DNAバーコード領域の分析も行われました。

COI領域(658bp)の差異が遺伝的分岐度(K2P値)によって示され、同種・異種を区別するのに有効であることがわかりました。

下記のリンクから論文のアブストラクトを見ることができます。
Osada et al. 2015, A revision of the genus Nemapogon Schrank (Lepidoptera, Tineidae) including a stored grain pest, N. granella, from Japan

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The Barcode Bulletin 第6巻1号が公開されました

iBOLからThe Barcode Bulletinの2015年3月号が公開されました。

“News”では、2015年8月18-22日に開催予定の第6回国際バーコードオブライフカンファレンスの詳細が書かれています。

“Feature”では、マレーシアのいくつかの小学校で行われているチョウのDNAバーコーディングによる同定とモニタリング調査プログラムが紹介されています。

“Reseach”では、フランス北西のイロワーズ海の捕食者2種(ハイイロアザラシとネズミイルカ)の食性をDNAバーコーディングによって明らかにした研究、病原体とそれを媒介する昆虫のDNAバーコード情報の収集に関する研究(1403 parasite & vector speciesのうち597種のバーコードしかBOLDに登録していないことを指摘したレビュー論文)、ヨーロッパの甲虫やカナダの植物のバーコード領域を網羅的に収集した研究論文を紹介しています。

“Barcode Applications”では、アフリカの魚のひれを餌としている魚の種間関係をバーコーディングによって明らかにした研究や、ブラジル政府と大学とバイオ関連会社とが連携して魚市場に出ている誤表示を取り締まるといった取り組みについて紹介されています。

恒例のバーコーディング関連の論文数は、3月までに4015件で着実に増えているようです。

ぜひご覧ください。

PDFへのリンクです。
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国内バーコーディングプロジェクトの情報の更新について

日本産コメツキムシおよび日本産発光生物プロジェクトの内容が更新されました。

プロジェクトの詳細
日本産コメツキムシプロジェクト
日本産発光生物プロジェクト

英語版
Japanese Elateridae barcoding Project
Japanese bioluminescent organisms barcoding project

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