動物のバーコーディング

ミトコンドリア上のチトクロムC酸化酵素サブユニットI (COI)遺伝子の一部、648塩基を増幅するプライマーセットです。

プライマー配列

LCO1490 5′-GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG-3′
HCO2198 5′-TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3′

PCR条件

1 cycle
94°C 1min
35 cycles
94°C 30sec
50°C 30sec
72°C 1min
1 cycle
72°C 10min

注:上は標準的なPCR条件です。PCRの増幅が悪い場合には、アニーリング反応温度-5℃、非特異的なバンドが出る際にはアニーリング反応温度を+2℃して下さい。

動物群によってPCR条件が若干異なる場合があります。様々な動物群でのPCR条件については今後、随時更新予定です。

PCR反応液組成

ExTaq(タカラバイオ)使用時、反応系20µl

滅菌水 14.8µl
10×ExTaqバッファー(ExTaqに付属) 2.0µl
dNTPs(2.5mmol/lに調整済、ExTaqに付属) 1.6µl
プライマーLCO1498(20µmol/lに調整済) 0.5µl
プライマーHCO2189(20µmol/lに調整済) 0.5µl
ExTaq 0.1µl
サンプル(10ng/µlに調整済) 0.1µl

ここではシーケンスに必要なPCR産物量を20µlとして反応系を設定しています。必要に応じて量を調整してください。

DNA合成酵素はExTaq以外も使用可能ですが、その際には酵素に添付された説明書に従ってプライマー、サンプル以外の組成を調整して下さい。

参考文献

  1. Folmer O, Black M, Hoeh W, Lutz R, Vrigenhoek R. 1994. DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates. Molecular Marine Biology and Biotechnology 3: 294-299.
  2. Hebert PDN, Cywinska A, Ball SL, deWaard JR. 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society London B 270: 313-321. (pdf)
  3. Hebert PDN, Ratnasingham S, deWaard JR. 2003. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society London B 270 (Supplement): S96-S99. (pdf)
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