PCR産物のチェック
PCRで目的の領域が増幅されているかを確認するため、アガロースゲルを用いた電気泳動を行います。
- 泳動に用いるTAE bufferあるいはTBE bufferと同濃度のbufferにアガロースを加えて電子レンジで加熱、アガロースを溶かしてゲルとする。
500～2000bp程度の断片を泳動する場合、アガロース濃度は重量%で1%（bufferの比重は1として考える）でよい。近接した2本のバンドを分離するような場合にはアガロースの濃度を高くし、より長時間の泳動を行う。 - ゲル枠にコームを差し込み、溶かしたゲルを流しいれると10分ほどでゲルが固まるので、ゲル枠を外して周囲に付着したゲルの破片を拭き取る。
- パラフィルム上でDye1μlとPCR産物1μlを混ぜ合わせ、コームに流し入れる。空いているコームにサイズマーカーも流し込む。ゲルを泳動漕にセットし、100Vで30分間泳動する。
- 泳動が完了したら、ゲルをゲル板から外し、臭化エチジウムの入った容器に入れ、30 分間染色する。
- 染色が完了したらゲルを取り出してラップを引いたプレートに載せてFASにセットし、紫外線を照射する。予想される位置にバンドがあることを確認し、サイズマーカーの明るさと比較してPCR産物の大体の濃度を算出する。