DNAバーコードについての記事紹介
本日(4/27)の朝日新聞朝刊の科学面にて、DNAバーコードが紹介されています。 朝日新聞のサイトにて、その有用性や応用の可能性についても非常に分かりやすく解説されておりますので、ぜひご覧ください。
2010 年 4 月 27 日 3:56 PM
ニュース カテゴリー：ニュース
寿司のバーコーディングについての紹介記事
「生物の科学 遺伝」2010年5月号 (Vol.64 No.3)に、 以前も紹介したDNAバーコードを用いた寿司の同定についての論文
の紹介記事が掲載されています。
合わせて、DNAバーコードやその現状についての簡単な解説がありますので、興味のある方はぜひご覧ください。
2010 年 4 月 25 日 4:09 PM
日本森林学会大会でのシンポジウムのお知らせ
2010年4月2日（金）～5日（月）に行われる第121回日本森林学会大会にて、DNAバーコーディングのシンポジウムが開催されます。
直前の告知になってしまいましたが、興味のある方はぜひご参加ください。
シンポジウム T14 ：4月4日 B会場 13：00～16：00
樹木のDNAバーコーディングの進捗と今後の展開に向けて
コーディネーター： 吉丸博志（森林総合研究所）
企画概要
DNAバーコーディングは、特定の遺伝子領域の短い塩基配列（DNAバーコード)に基づいて生物種の同定を行う手法である。近縁種同定、隠蔽種検出、組織断片からの種識別など、様々な利用が期待されている。DNAバーコーディングはHebertら（2003）によって提唱され、動物においては、ミトコンドリアDNA上のチトクロームCオキシターゼサブユニットI（COI）の部分塩基配列（約650bp）が、非常に多型性が高く識別能の高い領域としてDNAバーコーディングの対象に設定され、鳥類、魚類、鱗翅類などにおいて、世界中の膨大な数の種に関する塩基配列情報の蓄積が進行している。いっぽう植物においては、単一で動物のCOIのような高い多型性を有する適切な領域がないため、どの領域をターゲットとするかについて国際的な議論が行われてきたが、2009年後半に至りようやく、葉緑体DNA上の２箇所の必須ターゲット領域が決定し、分類群によってはさらに補助的なターゲット領域の設定して塩基配列データを蓄積することになった。DNAバーコーディングでは、基盤となる塩基配列データベースの構築と、その利用という二つの面があり、両者は相補いながら進むものであるが、樹木ではようやく前者の段階が始まった状況にすぎない。日本産樹木におけるDNAバーコーディングの進捗と今後の展開に向けて、現状の紹介と情報交換を行う。
参考リンク
第121回日本森林学会大会ホームページ
2010 年 4 月 2 日 1:27 PM
日本産コメツキムシバーコードプロジェクトの追加
プロジェクトに、日本産コメツキムシの項目を追加しました。
サンプルのご提供をお願いしておりますので、興味のある方は是非こちらをご覧ください。
2010 年 2 月 19 日 6:50 PM
日本生態学会での企画集会のお知らせ
2010年3月15日(月)～3月20日(土)に行われる日本生態学会第57回大会にて、DNAバーコーディングの企画集会が開催されます。
興味のある方はぜひご参加ください。
企画集会 T24 ：3月18日
生物多様性研究とDNAバーコーディング
企画者： 伊藤元己
企画概要
生物の同定技術であるDNA バーコーディングを取り巻く世界の状況は大きく変化しており、情報の蓄積だけでなく同定作業への活用も急速に進んでいる。本集会では、この手法に関する世界の現状および国内での研究活動例を紹介し、生態学における今後の活動展開について議論したい。
演題一覧 (各演題をクリックすると要旨を参照することができます。)
DNAバーコーディングをめぐる世界の情勢
伊藤元己,神保宇嗣（東大院・総合文化）
日本産昆虫類のDNAバーコーディング：寄生蜂への応用を中心に
三浦一芸（近中四農研・広島大）,前藤 薫（神戸大）
日本産鳥類のDNAバーコーディングによって示される近縁種間・亜種間の多様な遺伝
西海 功,染谷さやか,岩見恭子（国立科学博物館）,齋藤武馬,小林さやか,浅井芝樹（山階鳥研）
日本産樹木DNAバーコーディングの現状ー収集と解析ー
吉丸博志（森林総研）
日本産シダのDNAバーコーディング： 配偶体フロラ解析への応用
海老原淳（科博・植物）,櫻井裕布美,山岡麻美,水上直子（日本女子大・理）
参考リンク
日本生態学会第57回大会ホームページ
2010 年 1 月 19 日 4:06 PM
DNAバーコードを用いた寿司の同定
11月24日付のWeird Visionの記事
でDNAバーコードによるマグロ属（Thunnus）の同定についての論文
が紹介されています。記事内容について、若干の補足も含めて解説します。
まず記事の補足です。動物で用いられているDNAバーコードは、一本の染色体全てを読むのではなく、ミトコンドリアの持つDNAの一部について、その配列を読みとって利用する手法です。記事ではミトコンドリアのCOI遺伝子14箇所を選んだと書かれていますが、厳密には読み取ったCOI遺伝子の部分的な配列のうち14箇所、ということになります。
論文では、マンハッタン・デンバー・コロラドの計31の寿司店でマグロを注文し(価格は$2.25～$15)、店員から種名を確認した上で、寿司ネタ(可能であれば刺身)からDNAを抽出、バーコードを特定しました。
COIバーコードを構成する655塩基のうち、マグロ属の識別に有効であると考えられた14塩基をデータベース内にある配列と比較した結果、マグロ属では99％以上の確率で種名が特定されました。また、White tuna（ビンナガ）とされていながら、いずれのマグロにも該当しなかった5サンプルについては、配列全体を用いてデータベースで検索を行ったところ、データベース内の魚類では、ワックス毒魚とされるアブラソコムツ(Lepidocybium flavobrunneum)に最も近い配列である、という結果が得られました。
現在のところ、DNAバーコードを迅速に決定することは技術的に困難であり、種名を特定するには、一日程度かかりますが、本研究は、DNAバーコードによってより迅速な種同定が可能になったとき、それがどのような利用法を持つかを示す一つのモデルケースです。
2009 年 11 月 25 日 8:20 PM
Twitterによる情報発信
The Barcode of Life is on Twitter! Consortium for the Barcode of Life (CBOL) がtwitterによる情報発信を始めました。 興味のある方は@barcodeoflifeをフォローしてください。 11/10-13にメキシコシティで開催されるThird International Barcode of Life Conferenceのハッシュタグは #barcode09 です。
JBOLIもtwitterで情報発信しております。こちらも興味のある方は@JBOLIをフォローしてください。
2009 年 11 月 5 日 3:23 PM
植物バーコード領域のケーススタディー
陸上植物の標準的バーコード領域（rbcL、matK）を用いた研究が，PLoS ONE と ＰＮＡＳに掲載されました． いずれの論文もオープンアクセスです．
- M. A. Gonzalez et al. (2009) Identification of Amazonian Trees with DNA Barcodes. PLos ONE 4 (10):e7483.
- W. J. Kress et al. (2009) Plant DNA barcodes and a community phylogeny of a tropical forest dynamics plot in Panama. Proc Natl Acad Sci USA: Early Edition.
12:25 PM
陸上植物の標準的バーコード領域
Consortium for the Barcode of Life (CBOL) の Plant Working Groupにより，陸上植物の標準的バーコード領域としてrbcLとmatKの利用を推奨する提案がPNASに掲載されました．今後２ヶ月のうちにこの案で植物の標準的バーコード領域が正式決定される予定です．
2009 年 8 月 7 日 1:48 PM
ウェブサイトのリニューアル
ウェブサイトを新しいシステムに入れ替えました。 まだ、工事中の所もありますが、追々整備していきますのでよろしくお願いいたします。
2009 年 3 月 27 日 8:31 PM
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