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日本バーコードオブライフ・イニシアティブ(JBOLI)は,日本におけるDNAバーコーディングの普及や関連プロジェクトの支援を目的として2007年に設立され, 2009年1月に正式に立ち上げられた組織です。

最近のニュース

トビムシ群集のmetabarcoding手法に関する研究

日本産トビムシ類DNAバーコードプロジェクトによる、トビムシ群集のメタバーコーディング手法の論文がGenomeに掲載されました。

Seikoh Saitoh, Hiroaki Aoyama, Saori Fujii, Haruki Sunagawa, Hideki Nagahama, Masako Akutsu, Naoya Shinzato, Nobuhiro Kaneko, Taizo Nakamori
A quantitative protocol for DNA metabarcoding of springtails (Collembola)
Genome, 2016, 59(9): 705-723, 10.1139/gen-2015-0228

メタバーコーディングにおいては、出力されたNGSデータ中での種ごとの配列の存在頻度が群集中の個体数やバイオマスをあまり反映しておらず、データの定量性に乏しいという課題がありました。

本論文では、この課題に対して改善をもたらすプロトコルを提案し、同一種の個体数とリード数の間に高い相関が得られたことを示しています。

同一の種であればサンプル間で個体数の大小を議論できる(半定量性がある)ことから、これまでメタバーコーディングでは困難だった個体数密度の変動の追跡などにも利用できる可能性があります。

本論文はオープンアクセスとなっておりますので、メタバーコーディングに関心のある方は是非ご覧ください。

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BOLDに登録されたバーコードデータを活用した鳥類の種分化に関する研究

BOLDに登録されている12の鳥類プロジェクトのDNAバーコードデータをもとに、過去に日本本土から大陸へと移動が起こったとされる「Reverse Conolization」の仮説の検証を試みた研究がJournal of Ornithologyに掲載されました。

論文では、バーコード情報が大陸と日本本土の両集団から得られる118種を対象にして、ハプロタイプの特徴からReverse Colonizaionの可能性を議論しています。
また、著者らは、今回の対象種ではバーコードデータが得られる集団に偏りがあることや、COIバーコード領域のみの解析の限界などバーコードデータを利用する際の問題点も論じています。

Isao Nishiumi & Chang-Hoe Kim (2015) Assessing the potential for reverse colonization among Japanese birds by mining DNA barcode data

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パプアニューギニアのチョウ類バーコードデータのBOLD登録

パプアニューギニア・Yawan周辺で採集されたチョウ類のDNAバーコードデータ(315BINs)がBOLDに登録されました。
もともとこれらのチョウ類は、生態学的研究のために採集されたもので寄主植物のデータが充実しています。
BOLD上では、バーコードデータとともに、証拠標本の写真やこうしたホスト情報も一緒に登録できるという良い例だと思われます。

Scott E. Miller, Margaret E. Rosati, Bradley Gewa, Vojtech Novotny, George D. Weiblen and Paul D.N. Hebert (2015) DNA Barcodes of Lepidoptera Reared from Yawan, Papua New Guinea

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第6回国際バーコードオブライフカンファレンスEarly Registration 15日まで延長

カナダ・Guelph大学で2015年8月18-22日に開催される予定の第6回国際バーコードオブライフカンファレンスのEarly Registrationが6月15日まで延長されました。

まだ間に合います!

詳細は下記ホームページでご確認下さい。

第6回国際バーコードオブライフカンファレンスHP

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非破壊的なDNA抽出方法についてートビムシ

DNAバーコードプロジェクトを進めるにあたって、DNA抽出は証拠標本を残すことを念頭に置く必要があります。
トビムシのようなプレパラート標本にする必要があるものは非破壊的にDNA抽出するのは難しいことでした。
本論文では、トビムシのDNA抽出の際、費用も労力もよりかからない非破壊的な方法が提案されています。

COI領域の増幅率は種によって異なるなど課題は残されていますが、DNA抽出後に作製した標本によって分類に必要な形態的特徴がきちんと判別できることが示されています。

下記のリンクから論文のアブストラクトを見ることができます。
Aoyama et al. in press, A rapid method of non‐destructive DNA extraction from individual springtails (Collembola)

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日本産コメツキムシプロジェクト

コメツキムシDNAバーコードに関する記事が、2015年3月19日付日本農業新聞に掲載されました。

「データベース化ー名古屋市立大学大学院など コメツキムシ科害虫、益虫判別ー適切な農薬散布に活用」

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